Förbundet kräver 400 000 kronor i skadestånd för att bolaget varslade en säljare om avsked på grund av hans fackliga arbete, skriver Metro.
Efter protester drog företaget senare tillbaka varslet.
Handels anser att bolaget har kränkt den anställdes och förbundets föreningsrätt och hindrat honom att fullgöra sitt fackliga uppdrag.
Skadeståndskravet är 200 000 kronor vardera åt förbundet och den anställde.
Handels stämmer Mega
Fackförbundet Handels stämmer ägaren till Mega Skivakademien inför Arbetsdomstolen.