Handeln med öl och läsk står i centrum för kontrollerna.
Varje år beräknas dagligvaror för omkring en halv miljard kronor importeras utan att det sker inbetalning av moms.
Läs mer om specialgranskningen i fredagens pappersutgåva av Fri Köpenskap.
Butiker ska specialgranskas
Riksskatteverket har dragit i gång ett landsomfattande projekt för att komma tillrätta med bedrägerier med moms och punktskatter bland livsmedelsbutiker och grossister.